Toiminnalliset vatsavaivat ovat vatsavaivoja, joiden syylle ei ole selvää patologista selitystä. Tällaisia vaivoja ovat ärtyvän suolen oireyhtymä, toiminnallinen ripuli, toiminnallinen ummetus ja toiminnallinen dyspepsia. Ravitsemusterapeutti Kaija Paasikivi on kirjoittanut katsauksen toiminnallisista vatsavaivoista kärsivien potilaiden ruokavalio-ohjeista.